Načela sinteze nukleinskih kislin

Sinteza nukleinske kisline se izvede z metodo trdne faze sialnega amida trigliceridov, pri čemer se 3' konec DNA imobilizira na substrat trdne faze in dodajajo nukleotidi v smeri 3' do 5', dokler se ne sintetizira želeni fragment DNA. .To se od sinteze DNK razlikuje po uporabi DNK polimeraze.

3' konec prve baze je med sintezo imobiliziran na CPG, 5'-OH naslednje baze je zaščiten z di-p-tolil tritil DMT, amino skupina na bazi je zaščitena z benzojsko kislino in 3' -OH se nato aktivira z aminofosfatno spojino.1 baza 5 5'-OH 1 baze in 3'-OH naslednje baze tvorita fosfitni triglicerid, ki se nato z jodom oksidira v fosfatni triglicerid, zaščitno sredstvo na drugi bazi 5'-OH odstranimo z dodajanje dikloroocetne kisline DM kroži skozi dodajanje naslednje baze in po sintezi se zaščitno sredstvo na 5'-OH odstrani s šibko kislino. Fragment se loči od trdne smole s koncentriranim amonijevim hidroksidom, zaščitno sredstvo se odstrani iz baze s koncentriranim amonijevim hidroksidom ob segrevanju, amonijev hidroksid odstranimo, fragment vakuumsko posušimo in nukleinsko kislino očistimo s tekočinsko kromatografijo ali PAGE.

Koraki sinteze oligo

Deblokiranje

The5-end DMT zaščitna skupina se odstrani z dodajanjem raztopine TCA.

Aktivacija

Mešanje aktivatorja z oligonukleotidnim monomerom, da se tvori aktivni oligonukleotidni monomerni intermediat.

Spenjanje

5-terminalna hidroksilna skupina reagira z aktivnim oligonukleotidnim intermediatom v antigenerativni kondenzacijski reakciji, da tvori nestabilno fosfitno trigliceridno vez.

Zapiranje 

Dodatek sredstva za zapiranje izvede reakcijo zapiranja acetilacije s presežnimi hidroksilnimi skupinami, ki niso vključene v reakcijo kondenzacije.

Oksidacija 

Dodatek raztopine joda, ki vsebuje vodo, reagira z nestabilnimi fosfitnimi vezmi z oksidacijo, da nastanejo stabilne trigliceridne vezi fosforne kisline.

Cianoetil cepitev

Produkt nukleinske kisline po sintezi z dodatkom raztopine DEA za odstranitev cianoetilne skupine iz fosfatne trigliceridne vezi.

Odcepljeno in odstranitev zaščite

Fragmente nukleinske kisline odcepimo od nosilca trdne faze z dodajanjem koncentrirane raztopine amonijevega hidroksida in nato segrejemo, da odstranimo zaščitne skupine iz vodikovih vezi baz.